Die Bahn hat seit den 1970er-Jahren viele Strecken stillgelegt. Beispiele sind Verbindungen wie Rosenheim–Samerberg–Frasdorf, Bad Aibling–Bad Feilnbach, Dorfen–Velden, Grafing–Glonn oder Obing–Bad Endorf. Oben in Franken kämpft ein Förderverein für die Wiederinbetriebnahme der Steigerwaldbahn Kitzingen-Schweinfurt. Weitere Reaktivierungsprojekte sind Seligenstadt–Volkach, Aschaffenburg-Großostheim, Maxhütte-Burglengenfeld oder Lohr (Stadt-Bahnhof).
Zugelassen ist seit 2016 ein Probebetrieb Gotteszell–Viechtach. Nur am Wochenende fährt die Ilztalbahn Passau–Freyung. dw