Bereits vor etwa 50 Millionen Jahren gab es Vorläufer von Pferden, wie wir sie heute kennen. Sie lebten in Waldgebieten und waren nur so groß wie Füchse. Sie liefen noch auf Pfoten mit mehreren Zehen und fraßen Laub. In einem Zeitraum von etwa 40 Millionen Jahren wurden aus diesen Tieren langsam Pferde, sie wuchsen, der Kopf wurde länger und nach und nach entwickelten sich Hufe. Pferde sind Zehenspitzengänger. Die sog. Kastanien an der Innenseite der Beine sind Reste vom Übergang zum Zehenspitzengänger. Der erste Einhufer kam vor gut zehn Millionen Jahren auf, das war Pliohippus, der nur etwa 1,20 Meter groß war und in den Graslandschaften Nordamerikas lebte. Erst vor rund eineinhalb Millionen Jahren erreichten die Vorgänger aller heutigen Pferde Eurasien.
Es gab Zeiten, in denen Pferde ebenso wie Bisons und Yaks, Mammuts und viele andere Tiere mehrfach Eurasien durchwandert haben. Das waren große, spätpleistozäne Herdenwanderungen, denen die Raubtiere folgten und auch Jäger des Homo sapiens. Keiner weiß genau, warum Pferde im Laufe der Geschichte auf dem amerikanischen Kontinent vor 10 000 Jahren ausstarben. Die Tiere dort kamen erst mit den Entdeckern und Eroberern zurück.
Das Zebra entwickelte sich dagegen in Südafrika aus den eingewanderten Equiden und der Esel in Nordafrika. Pferde wurden nach dem Aus für Mammuts im nacheiszeitlichen Europa vor 10 000 Jahren eine wichtige Nahrungsquelle der Jäger und Sammler. In Osteuropa wurden zwischen 8000 bis 3500 v. Chr. Wildpferde zur Nahrungsbeschaffung gejagt. Erst ab diesem Zeitpunkt gibt es Belege, dass Pferde als Zug- oder Reittier genutzt wurden.
Von der Botai-Kultur in Nordkasachstan (3750 – 3000 v. Chr.) weiß man, dass tatsächlich dort bereits Pferde gezüchtet worden sind. Diese Tiere galten in Fachkreisen bislang als der Ursprung aller bis heute domestizierten Pferde. Eine internationale Forschungsgemeinschaft am Institut für Tierzucht und Genetik an der Vetmed-Universität in Wien überprüfte diese Annahme nun mittels Genomsequenzierung fossiler DNA-Proben. Das sensationellen Ergebnis widerlegt alle bisherigen Theorien. Die Sequenzierungsergebnisse zeigen, dass die Pferde der Botai-Kultur nicht die „Ahnen“ der modernen domestizierten Pferde sind. Dafür sind sie die Vorfahren der Przewalski-Urwildpferde, die auch im Münchner Zoo Hellabrunn zu sehen sind. Das heißt natürlich auch, dass diese Przewalski-Pferde wilde Abkömmlinge der ersten domestizierten Pferde sind! Seit diesen Ergebnissen ist ihr Status als die letzten lebenden Wildpferde in Frage gestellt – was sie aber nicht weniger schützenswert macht. Tatsache ist jedoch, dass keine der eurasischen Pferderassen der letzten 4000 oder 5000 Jahre mit den Botai-Pferden nahe verwandt ist. Die echten Urväter müssen im eurasischen und zentraleuropäischen Raum gesucht werden. Tarpane haben dieselbe DNA wie Mongolenpferde oder jakutische Pferde. Fjordpferde und einige weitere skandinavische Rassen wie das DölePferd oder das Nordland-Pferd entstammen derselben europäischen und asiatischen Pferdepopulation. Und diese Tiere wurden dann von Eroberern mitgenommen. Das Nordland-Pferd könnte demnach also Ursprung der Shetland- und der Highland-Ponys in Schottland sein.