Mühldorf/Ampfing/ Schwindegg/Neumarkt-St. Veit – Wann beginnt die neuere Geschichte der evangelischen Kirchengemeinden im Landkreis? Mit dem Bau der eigenen Kirchen? Oder mit der förmlichen Anerkennung als Gemeinden? Erster Fixpunkt ist mit Sicherheit aber die Feier eines Gottesdienstes.
So gesehen beginnt die neuere Geschichte am Pfingstsamstag 1875 in Mühldorf. Im damaligen „Hotel Schwan“ hielt August Trenkle, Reiseprediger aus Rosenheim, den ersten Gottesdienst. 1902 gründete sich schließlich in Mühldorf der „Verein der Protestanten“. Rund 300 Mitglieder zählte die Gemeinde damals, die bis 1922 vom Vikariat Burghausen aus versorgt wurde. Zum 1. Juni 1926 beschloss die Kirchenleitung in München, in Mühldorf eine Art ständige Außenstelle der Pfarrei Feldkirchen bei München einzurichten.
Erster Vikar der Gemeinde war Hans Gollwitzer. Ihm gelang es, unwillige Gemeindeteile wie Wasserburg und Neumarkt-St. Veit in die Mühldorfer Gemeinde zu integrieren. Unter seiner Leitung wurde im Oktober 1923 auch die erste evangelische Kirche in Mühldorf eingeweiht. Gollwitzer gründete 1929 aber auch den NSDAP-Ortsverband Mühldorf mit. Zugleich war er Mitglied der „Glaubensgemeinschaft Deutsche Christen“. Als diese im Sommer 1933 mit Unterstützung der NSDAP die Kirchenwahlen gewannen, entbrannte der Kirchenkampf. Für drei Wochen war Gollwitzer 1934 „kommissarischer Verwalter des Bischofssitzes in München für das Reichsgebiet Altbayern“, ehe er am 4. Juli 1935 aus dem Dienst entlassen wurde. In Mühldorf selbst kam in der Folgezeit das Gemeindeleben immer mehr zum Erliegen.
Nach dem Kriegsende musste sich die Gemeinde auf Herbergssuche begeben, da das Gotteshaus bei den Bombenangriffen 1945 zerstört wurde. Fündig wurde sie im selben Gebäude wie 1875: Im Gasthaus Stadt Mühldorf, vormals Hotel Schwan. Ab 1946 feierte die Gemeinde ihre Gottesdienste dann in der Katharinenkirche. Zu dieser Zeit lebten 8000 Mitglieder im Gemeindegebiet, das bis nach Wasserburg reichte.
Die evangelische Bevölkerung in Waldkraiburg nahm durch den Zuzug von Heimatvertriebenen ständig zu. 1948 wurde der erste evangelische Gottesdienst auf Waldkraiburger Boden abgehalten: Im ehemaligen Gästehaus des Rüstungswerkes. Später teilten sich katholische und evangelische Christen eine Barackenkirche, ehe aus dem Bunker Nummer 5 eine eigene evangelische Kirche wurde. Bis heute ist die „Bunkerkirche“ Teil des evangelischen Kirchenzentrums und wird als Versammlungsraum genutzt. 1951 wurde die Gemeinde gegründet, zunächst als Mühldorfer Tochterkirche. 1964 wurde dann die Martin-Luther-Kirche eingeweiht.
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Im Jahr 1969 wurden auch Töging und Neumarkt-St.Veit zu einer selbstständigen Gemeinde zusammengefasst. 1952 wurde die evangelische Kirche in Neumarkt-St. Veit gebaut, 1954 in Töging. In den 1970er- und 1980er-Jahren bildete sich mit dem Sprengel Ampfing/Schwindegg ein weiterer Schwerpunkt heraus. 1995 bekam Ampfing schließlich eine eigene Pfarrstelle, erst 2007 wurde der lang gehegte Wunsch der Ampfinger nach einer eigenen Kirche Wirklichkeit.