Es beginnt wie ein typischer Krimi. Am Rheinufer wird eine Leiche angespült. Seine Kleidung deutet darauf hin, dass der Mann auf einem Ausflugsschiff arbeitete. Doch in dem Moment, in dem Max Ballauf (Klaus J. Behrendt) und Freddy Schenk (Dietmar Bär) mit dem Kapitän der „Agrippina“ Kontakt aufnehmen, bekommt der Fall eine dramatische Wendung. Ein Geiselnehmer hat das Schiff in seine Gewalt gebracht. Der ehemalige Lehrer Daniel Huberty (Stephan Kampwirth) droht, das Schiff in die Luft zu sprengen, wenn seine Forderungen nicht erfüllt werden. „Hubertys Rache“ heißt diese Episode, die das Erste am Sonntag um 20.20 Uhr zeigt.
Der Ex-Pädagoge verlangt Gerechtigkeit, die es seiner Ansicht nach in einem Gerichtsprozess gegen ihn nicht gegeben hatte. Huberty war wegen Missbrauchs einer minderjährigen Schülerin verurteilt worden. Jetzt sollen die fünf Menschen an Bord gebracht werden, die er für schuldig hält, seine Existenz zerstört zu haben. Eine von ihnen, die Oberstaatsanwältin Svenja Poulsen (Christina Große), ist bereits mit ihrer Tochter Amelie (Anna Bachmann) auf dem Schiff. Sie merkt bald, dass Huberty sie im Visier hat.
Während Schenk mit Huberty verhandelt und Assistent Norbert Jütte (Roland Riebeling) versucht, die anderen vier Personen ausfindig zu machen, entschließt sich Ballauf mit dem Einverständnis der Kollegen zu einer riskanten Aktion. Eva und Volker A. Zahn schrieben das Drehbuch für diesen Fall, Marcus Weiler führte Regie. „Als wir über unseren ersten Köln-,Tatort‘ nachdachten, war schnell klar, dass die Stadt eine Hauptrolle im Film spielen muss“, sagen die Autoren: „Auf diese Weise entstand die Idee zu ,Hubertys Rache‘, einerseits als Hommage an das wunderschöne Köln, andererseits als ein Zeitgeistdrama über momentan weit verbreitete Opfer- und Empörungsbefindlichkeiten.“