Die Flunder gilt als Wanderer zwischen den Welten. Aufgrund der weiten Verbreitung wird der globale Bestand von der Weltnaturschutzunion (IUCN) aktuell als nicht gefährdet eingestuft. Je nach Lebensphase ist die Flunder auf unterschiedliche Lebensräume angewiesen, daher benötigen sie eine frei durchwanderbare Verbindung zwischen dem Meer über das Brackwasser ins Süßwasser. Die Wanderung der Flundern aus dem Meer in die Flüsse endet allerdings oft am ersten Querbauwerk.
Auch Fischtreppen, die ein Überwinden von Hindernissen ermöglichen sollen, können von Flundern meist nicht passiert werden. Auch die Verschmutzung der Lebensräume das Ausbaggern von Flüssen wirkt sich negativ auf die Flunderpopulation aus.
Die Flunder steht als Fisch des Jahres 2017 stellvertretend für alle Fischarten und Gewässerorganismen, die durch Eingriffe in das natürliche Ökosystemgefüge bedroht werden. Die klassischen Methoden zum Fangen von Flundern sind das Brandungsangeln und das Grundangeln im Mündungsbereich großer Flüsse. Häufig werden Watt- und Seeringelwürmer als Köder verwendet. Aber auch beim Spinnfischen im flachen Wasser zieht man die ein oder andere Flunder an Land.