Die Eggstätt-Hemhofer Seenplatte, die 1936 zum Naturschutzgebiet ausgerufen wurde und somit als ältestes Naturschutzgebiet gilt, ist auch Teil des europaweiten Schutzgebiets „Natura 2000“, bei der über eine Biotopverbundachse die beiden Naturschutzgebiete Eggstätt-Hemhofer Seenplatte und Seeoner See