Durch ganz Bayern ziehen sich Flüsse und Bäche mit einer Länge von über 100 000 Kilometer. Dazu kommen über 200 natürliche und zahlreiche künstlich angelegte Seen. Über 70 Fischarten sind in Bayern heimisch. Ein Fischzustandsbericht für den Freistaat Bayern wurde erstmals 2012 veröffentlicht. Dieser wird seitdem alle vier Jahre neu aufgelegt. Schon bei der Premiere 2012 war die Artenzusammensetzung in 87 Prozent der untersuchten Gewässerstrecken gestört. Kein Wunder, dass 77 Prozent der heimischen Fischarten in der Roten Liste gefährdeter Tiere in Bayern auftauchten. Der Zustand hat sich seitdem noch verschlechtert. Man hat es aktuell weltweit und auch direkt vor der Haustür mit einem massiven Artensterben in Süßwasserökosystemen zu tun. Seit 1970 gehen die international untersuchten Fischbestände um 76 Prozent zurück, bei großen Fischarten liegt der Rückgang sogar bei 94 Prozent.
„Wir befürworten ganz klar eine Modernisierung bestehender Wasserkraftanlagen“, sagt Johannes Schnell vom Landesfischereiverband Bayern. „In Töging am Inn hat so eine Ertüchtigung 140 Gigawattstunden mehr an Energie erbracht. Das ist der Königsweg! Das ganze Klein-Klein bringt gar nichts, so ein Kleinstkraftwerk hilft maximal dem Antragssteller.“ Scharfe Diskussionen entzünden sich aber an der Salzach, wo Fische 50 Kilometer ohne Wehr, Kraftwerk oder Damm ungestört wandern können, das können sie im Voralpenraum sonst fast nirgends mehr. In der Salzach finden Huchen, Nasen und Bachforellen noch halbwegs ursprüngliche Verhältnisse vor, die nun durch ein neu geplantes Querbauwerk bedroht werden. Johannes Schnell betont, dass der Wasserkraft Grenzen gesetzt sind. „Es ist Augenwischerei: Die CO2-freie Stromproduktion ist ja nicht alles. In Bayern gibt es bereits über 4250 Anlagen. Und der Neubau mittelklassiger Wasserkraftanlagen wird unsere Energieprobleme nicht ansatzweise lösen. Von den 4250 Wasserkraftanlagen liefern über 3000 weniger als 50 kW Strom. Im bayerischen Strommix macht die Wasserkraft derzeit 15 Prozent aus. Diese auf 25 Prozent zu erhöhen, ist absurd. Das wird rein geografisch gar nicht möglich sein, müsste man doch die Staumauern unrealistisch erhöhen.“